Cựu chỉ huy lục quân Campuchia Đỏ Meas Muth tiếp tục được tự do bất kể hai lệnh bắt giam đặc biệt, không được cảnh sát thi hành trong khi Muth tiếp tục sống hòa bình ở Battambang, vụ mình 003 Thủ tướng Hun Sen vẫn phản đối. Ba thẩm phán Campuchia bào chữa cho sự đối lập mình, rằng bị bắt, "trong xã hội Campuchia bị coi là sỉ nhục và ảnh hưởng danh dự, nhân phẩm, quyền lợi một cách đáng kể và vĩnh viễn." Muth bị tố giết người và phạm tội chống nhân loại ở các địa điểm khác nhau trong nước cùng các hòn đảo xung quanh.[57]

Thẩm phán từ chức

Tháng 6 năm 2011 tòa án bị phải tranh cãi công chúng sau khi Đồng Công tố Quốc tế Andrew Cayley đưa ra tuyên bố chỉ trích các Đồng Thẩm phán Điều tra đình chỉ xem xét Vụ 003 quá sớm, gồm cả tố cáo thẩm phán đang cố "chôn vùi" vụ án.[58] Các bị cáo là Meas Muth và Sou Met hai chỉ huy quân đội Campuchia Đỏ nghi giám sát việc bắt giam, vận chuyển tù nhân đến nhà tù S-21.[59] Trước quốc tế đã lo ngại tòa án buộc phải làm theo áp lực chính phủ không khởi tố thêm bị cáo nào khác. Đồng Thẩm phán Điều tra Đức Siegfried Blunk chỉ trích Cayley là vi phạm nội quy bí mật của tòa.[60]

Khi từ chức đột ngột tháng 3 năm 2012 do chính phủ phản đối tiếp tục truy tố, Siegfried Blunk nói tuy không bị các tuyên bố trị ảnh hưởng, nhưng "khả năng chịu đựng áp lực từ quan chức chính phủ để thực hiện nhiệm vụ một cách độc lập luôn có thể bị hoài nghi, có thể khiến nghi ngờ luôn sự thanh liêm của toàn thể việc xét xử" Vụ 003 và 004. Thẩm phán Blunk luôn là nhân vật tranh cãi kể từ khi lên thay thẩm phán Pháp Marcel Lemonde từ chức năm 2010 điều tra vụ 003 và 004.[61]

Việc Đồng Thẩm phán Điều tra quốc tế Laurent Kasper-Ansermet (Thụy Sĩ) từ chức đột ngột làm hoài nghi khả năng theo đuổi các vụ như 003 và 004 chống các lãnh đạo Campuchia Đỏ ốm yếu.[62]

Cũng có nhiều cáo buộc tương tự trong vụ 004 về cựu chỉ huy trung cấp Im Chaem, Ta Ann và Ta Tith; Chaem vận hành trại lao động quan hệ với dự án thủy lợi khổng lồ ở Preah Net Preah, Ta Ann và Ta Tith thì giám sát việc thảm sát trong trại. Kể từ đấy Ta Tith trở thành doanh nhân giàu có trong nước, Im Chaem thì lên làm xã trưởng ở Quận Anlong Veng, chỉ càng dấy lên nghi vấn rằng áp lực chính trị sẽ buộc phải bỏ truy tố nếu ba người cùng ra tòa.[63]

Ngay cả tháng 11 năm 2010 Ban Tán trợ Biện hộ đã cố chỉ định luật sư đại diện quyền lợi của bị cáo trong các Vụ 003 và 004.[17]